Через год после того, как космический аппарат стартовал с первой миссией к самому дальнему (в то время Плутон был еще «планетой», он лишен статуса планеты с августа 2006) объекту Солнечной системы – Плутону и поясу Койпера, «Новые Горизонты» приближается к самой большой планете Солнечной системы – Юпитеру. Около планеты аппарат произведет маневр гравитационного разгона и приобретет еще большую скорость на пути к своей конечной цели. «Новые Горизонты» станет самым быстрым космическим аппаратом когда – либо запущенным с Земли. Самый близкий пролет Юпитера осуществится 28 февраля 2007, он произойдет на расстоянии 2,3 миллиона км от центра планеты. Гравитация Юпитера разгонит аппарат дополнительно на 9000 миль в час, что позволит ему достичь окрестностей Плутона в июле 2015.
    Во время пролета Юпитера будет проверен двигатель космического аппарата и использованы системы исследований, семь научных приборов на борту. С января по июнь 2007 планируется провести 700 наблюдений Юпитера и его четырех самых больших лун, включая обзоры бурной атмосферы и динамической магнитосферы Юпитера. Будут получены топографические карты Ио, Европы, Ганимеда и Каллисто, большое внимание будет уделено вулканической активности Ио. Запланирован полет по длине хвоста магнитосферы, где так называемый хвост представляет собой широкий поток заряженных частиц длинной десятки миллионов километров. Будет получен крупный план «Малого Красного Пятна» - большого шторма находящегося к югу от известного Большого Красного Пятна Юпитера. По словам руководителя проекта Dr. Alan Stern главной задачей данного пролета все же будет не сбор информации, а благополучное преодоление через гравитационное поле, разгон к Плутону и проведение испытаний оборудования. Что интересно, исследование Юпитера по времени и по объему информации продлиться дольше, чем исследования Плутона. Большой объем информации о Юпитере будет отослан на Землю только после самого близкого пролета, поэтому еще одной задачей аппарата является наблюдение за Юпитером и запоминание всей полученной информации.
    Близкий пролет около Юпитера также станет демонстрацией того, что будет осуществляться во время пролета Плутона. Прошедший год полета космического аппарата «Новые Горизонты» не был легким для команды ученых на земле и других специалистов. Были произведены многочисленные отладки оборудования и инструментов, был осуществлен ввод нового программного обеспечения, проводились три маневра для корректирования траектории аппарата. Были получены первые снимки Юпитера и даже его конечной цели – Плутона, осуществлен пролет астероида JF56. Аппарат «Новые Горизонты» достиг Юпитера всего за 13 месяцев полета – это рекорд установленный для всех космических аппаратов направлявшихся к Юпитеру или пролетавших мимо, а их было уже шесть: Галилео (на орбите Юпитера 1995-2003); Пионер 10, 11; Вояджер 1, 2; Ulysses и Кассини. Аппарат получит первый крупный план Юпитерианской системы со времен другого космического аппарата Галилео, следующая миссия к Юпитеру планируется только в 2016 году - JUNO.
    В будущем, если все пойдет по плану, космический аппарат после восьмилетнего путешествия от Юпитера проведет пятимесячные исследования Плутона и его трех спутников, аппарат охарактеризует их глобальную геологию, морфологию, получит карты поверхности, ее состав и температуру, будет исследована атмосфера Плутона и ее структура. Поскольку миссия была расширена, подобные исследования аппарат проведет и в поясе Койпера, в области древних тел вне орбиты Нептуна.